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哈德良在原来的位置重建万神殿时，他决定虔诚地重现阿格里帕所建造的神庙，所以在现在所看到的神庙前面的希腊式楣墙上面刻了M·AGRIPPA·L·F·COS·TERTIVM·FECIT，意即吕奇乌斯的儿子，三度执政官马尔库斯·阿格里帕建筑此庙，也就是现在我们可以看到的铭文，用于说明阿格里帕建造了这个原本建造于此的建筑。这一决定的出发点在于对于哈德良来说，虽然现在所建的这个神殿与屋大维时期所建得神殿没有任何关系，两者之间完全不同，但他仍认为是在修复，而不是在重建原有的神殿。他试图以此来强调与屋大维的关系，在这方面苇斯帕芗也做过同样的努力。但是也是因为这一铭文，使很多人认为这就是屋大维时期的建筑，直到19世纪出土的文物显示早期庙宇的遗迹时，人们才意识到自己的错误。就现有情况来看，除了这一铭文以外，在三角形的楣墙上还有一些小洞，那表明当时上面有雕像，但现已不复存在。门廊的柱子由灰色花岗岩的柱身以及白色大理石的柱头组成，柱头是科林斯式。这说明哈德良不仅从希腊进口大理石，而且使用希腊的工匠，他希望用最好的，最了解希腊的希腊工匠来建造他的建筑。
从外部来看，万神殿保存良好。与罗马其它建筑一样，这也是因为它后来被以另外的用途继续使用。公元609年万神殿被皈依天主教的拜占庭皇帝博卡斯赠给当时的教皇博尼法斯四世，博尼菲斯将其改造为教堂，并派人把许多基督教圣徒的遗骨从原来存放的地下墓穴中移了出来，一共装了20多车，运送到万神殿。作为一个教堂，它有一个美丽的名字——圣玛丽圆教堂，也就是圆形的教堂，这一名字对这一建筑非常合适，因为它有一个圆形的鼓座，内部空间也呈圆形。也正是得益于这个改变，万神殿避免了象中世纪罗马其它古建筑那样由于宗教的原因被废弃和拆毁的命运。
现在从青铜大门进入万神殿的内部，受角度的限制，人无法用肉眼一眼看尽里面的壮美，即使是最大的广角镜头，也会导致极度的失真，在这种情况下必须依靠绘画作品。18世纪的意大利画家帕尼尼以擅长画罗马的古迹闻名，作为透视大师，在《万神殿內景》这幅画中，他在有限的画幅中展现了万神殿内的全景，这是任何照片都无法达到的直观感觉。通过这幅画不仅可以了解神殿内部从地面到穹顶的设计和装饰，还可以感受到午后的阳光透过穹顶的圆孔照射在神殿内的墙上并产生漫射，从而照亮整个神殿。神殿中的众人或在进行祈祷，或在高谈阔论，反映了万神殿作为罗马公众场所日常所见的场景。
万神殿穹顶内壁被整齐划分为5排28格，一共140个花格，每一格皆被由上而下雕凿出凹陷，这种凹陷不仅使墙厚的递减更为合理，也增加了万神殿内部的美观性，并使之具有更好的声学特性，这种效果只有混凝土才可以做到，因为只有通过模具才能达到这种效果。这些方格现在看起来是混凝土本来的灰褐色，但在古代时可能是镀金的，穹顶顶部开有直径8.9米的圆孔，是万神殿内唯一的光线来源，光线从顶部泄下，并会随着太阳位置的移动而改变光线的角度，通过穹顶镀金的凹陷反射到大理石上，给人一种神圣庄严的感觉。
万神殿现在的墙面仍是用彩色大理石装饰，是古代大理石装饰的范例，其特点是通过不同的色彩分割成不同的空间，尽管并不是现在墙面的所有部分都是古代的，但是可以由此看到古代大理石墙面的情况。地面同样由大理石铺成，与光线可以从顶部的圆孔通过一样，下雨时雨水也可以从圆孔流入室内，因而大理石地板上有22个小洞，可以及时排干雨水。
尽管墙面保留了原有的大理石装饰，内部结构也并没有太大的变化，石柱和壁柱都是古代保存下来的。但是与原来相比，内部空间比外部的变化更加明显。外面仍是原来的样子，但是内部的内容已完全不同。这是因为当万神殿被改造为教堂时，其内部的结构已进行了较多的改建，这是所有被改建建筑的命运。万神殿原来是供奉罗马众神和先王的，这对于基督教徒来说是异教，在基督教被合法化之前，教徒之所以受迫害，其原因之一是他们拒绝拜倒在先王的脚下。万神殿中原有的许多精美的装饰以及原来覆盖于万神殿上的铜瓦在后世都被拆走，运到了当时的罗马帝国首都君士坦丁堡。在17世纪的时候，教皇乌尔班八世又将门廊的青铜天花板熔化后，由贝尔尼尼铸成圣彼得大教堂主祭坛上方的华盖和80尊大炮，后者用于台伯河边圣天使堡的防卫，而圣天使堡的前身，则是哈德良的巨大的圆形的坟墓，就这样，哈德良的建筑以一种当时无法想像的方式聚在了一起。幸运的是，对于万神殿来说，原来的青铜大门仍保留了下来。
除了大理石的墙面外，万神殿现在的内部装饰是所有教堂都有的装饰，例如壁龛、圣人的雕像等，原来的罗马众神和先王被基督教的圣人和后来的知名人物所代替。这是因为文艺复兴时期以后，万神殿也曾被作为意大利名人的墓地，这也是教堂功能的一部分，著名画家拉斐尔就长眠于此，是所有游人进入万神殿后关注的重点，除此之外，在此安息的还包括将意大利统一的国王维克多·伊曼纽尔，在他的墓碑上面布满罗马权力的象征，包括展翅的雄鹰，这曾是朱庇特的象征，以及盾牌等，这些象征性符号从古罗马时代一直沿用至今。但受欢迎程度远不如拉斐尔，对于大多数人来说，也远没有拉斐尔那么重要。
就建筑形式来说，万神殿也对后世产生了深刻的影响。关于穹顶的设计是巴洛克式教堂设计的主体，从其来源来说，可追溯于弗拉维王朝时期的图密善，他是一个平庸而自大的皇帝，自称是主和神，并试图通过建筑形式来显示并加强其神圣性。为此在他的住宅和建设的其它建筑里创新性地使用半圆形的拱顶，在拱顶的下方安放他的雕像，其意图是把天国的穹顶置于头顶之上。
但是用圆形的穹顶来指代天国源于早期的宇宙观念，对于早期的人类来说，天圆地方并不仅仅是一种感性认识，更是一种宇宙观，圆形的穹顶很容易让人想起天空，从而联想到天堂的拱顶。这种圆形的穹顶在万神殿里将其作为众神的象征，而在教堂里将其作为天堂的象征。在文艺复兴时期，由拉斐尔、米开朗琪罗、贝尔尼尼等设计的圣彼得大教堂就延用了这种圆形穹顶结构，它包括一大一小两个穹顶，小穹顶由拉斐尔设计，大穹顶由米开朗基罗设计，直至他去世也没有完工。即使如此，万神殿的穹顶比圣彼得教堂的穹顶大，它的直径是142英尺（43.31米），圣彼得教堂虽然是世界最大的教堂，但它的穹顶只有139英尺，只是因为圣彼得教堂的穹顶更高，内部的容积更大，所以才显得穹顶更大，而不是因为其直径比万神殿的穹顶更长。